La Comisión de Fiscalización de la Asamblea Nacional anunció una investigación sobre el manejo de la institución en el marco del caso Encuentro, proceso que también involucra a Hernán Luque Lecaro, uno de los últimos titulares del directorio de la entidad.

EMCO fue creada mediante el Decreto 842 con el objetivo de coordinar y controlar las empresas públicas del Ejecutivo. En ese momento existían unas treinta compañías estatales, entre ellas CNT, TAME, Petroecuador, Flopec, CNEL y Ferrocarriles del Ecuador.

Durante los gobiernos de Lenín Moreno y Guillermo Lasso, la estructura de la entidad cambió varias veces. Las reformas modificaron la integración de los directorios y concentraron mayor poder en la presidencia de EMCO, especialmente sobre las decisiones de las empresas públicas.

Según un informe de la desaparecida Secretaría Anticorrupción, esa concentración de funciones generó riesgos de tráfico de influencias, conflictos de interés y direccionamiento de contratos. El documento señalaba posibles irregularidades en EMCO, CNEL y Flopec.

En el gobierno de Lasso, Hernán Luque Lecaro asumió la presidencia del directorio en 2021. Salió del cargo en octubre de 2022 tras denuncias sobre supuesta entrega irregular de cargos públicos. La Fiscalía abrió el caso Encuentro en 2023 y actualmente Luque enfrenta un proceso judicial.

Tras asumir la Presidencia, Noboa ordenó un informe para extinguir la empresa. El proceso de liquidación arrancó oficialmente en febrero de 2024 y concluyó en agosto del mismo año, según informó el liquidador Juan Francisco Román.